(三)實際發生、相關性、合理性：稅前扣除的三大基本原則
　　實際發生原則蘊含了以下具體要求：與稅前扣除項目相關的業務事項是真實的、業已客觀發生或存在的;具備合規、適當的憑證并可驗證;款項業已支付;履行了必要的稅收管理程序、手續等。條例中闡明相關性原則是指與取得收入直接相關的支出，它首先要求一項扣除應與納稅人的收入在性質上、根源上存在直接關系。例如，企業經營者家庭或個人的某項消費性支出(如聘用保姆費用)或許有助于公司經營活動及其收入，但這充其量是間接相關，不可于稅前扣除。相關性原則還要求納稅人劃分與應稅收入、免稅收入、不征稅收入相關的支出項目，劃分不同納稅年度與收入相關的支出，否則將會影響納稅人對稅收優惠待遇的享受或產生稅收風險。另外，企業發生的支出應當區分收益性支出和資本性支出，由于資本性支出所產生的經濟利益及于以后各期，故不得在發生當期直接扣除。條例中將合理性原則規定為：是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。在此原則下，條例中對某些稅前扣除項目規定了具體比例，或提出了一般要求。
　　現概要分析稅前扣除辦法和標準的主要變化及其相關問題。
　　1、工資及“三項經費”。條例第三十四條規定：“企業發生的合理的工資薪金支出，準予扣除”。此項規定宣告實行多年的內資企業計稅工資辦法成為歷史，消除了對職工薪酬既征收個人所得稅又征收企業所得稅的重疊征稅現象。條例中要求稅前扣除的工資薪金必須實際發生，在一個納稅年度內提取的應付職工薪酬應實際支付，在實務中，納稅年度結束前提取的應付職工薪酬最遲應在匯算清繳結束前支付，否則應對其余額作納稅調整。對于股份支付，無論是以權益結算還是以現金結算，在等待期內，企業提取的職工薪酬費用顯然不符合實際發生的原則要求，應當構成納稅調整事項。而條例中不再規定稅前扣除的工資薪金標準，這也客觀上為部分企業增加工資薪金支出、減少利潤分配進而降低綜合稅收成本留下一定空間。那么，條例中關于工資薪金支出“合理的”要求，是否為今后進一步制定工資稅前扣除管理辦法埋下伏筆，有待觀察。
　　在關于職工福利費、工會經費、職工教育經費等“三項經費”的稅前扣除方面，條例中分別規定了14%、2%、2.5%的限制比例，且規定職工教育經費超過規定比例的部分可結轉以后年度扣除，有特別規定的依照規定扣除。“三項經費”的計提依據均為工資薪金總額而不同于原先內資企業的計稅工資。值得注意的是，在“三項經費”扣除標準前，分別加上了“發生的”、“撥繳的”等限定性詞匯，在一個納稅年度內，企業提取而未實際使用、支付的費用應予納稅調整。而新法實施之前，內資企業按計稅工資提取的14%的職工福利費、內外資企業按財務制度提取的職工教育經費當年未實際使用的部分并未要求納稅調整。這一扣除政策的變化還帶來了稅制改革前后如何銜接過渡的問題。例如，內資企業賬面結存的應付福利費余額如何處理?如果企業將其轉入損益是否應予征稅?