2、關于收入確認的具體規定。條例在權責發生制原則下，分別不同來源和種類的收入，逐一規定了收入確認的時間。以利息收入為例，條例規定：“按照合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現”。由此可見，只要納稅人具有索取收入或收益的約定權利，不管相應經濟利益是否流入，稅法便認定計稅收入實現。稅法關于收入的確認和歸屬并不完全是經濟意義或會計意義上的歸屬，更主要是基于約定權利的歸屬。由此又產生另一問題，如果甲公司持有乙公司發行的一次還本付息的三年期公司債券，甲公司在持有期內的資產負債表日，應按會計準則的相關規定確認應計利息及利息收入，而此時并非“債務人應付利息的日期”，那么，納稅人進行當期納稅申報時是否可作納稅調減、在合同約定付息日再作納稅調增?這是實務中容易引發爭議的問題。
　　關于收入的分期確認問題，條例規定：“企業受托加工制造大型機械設備、船舶、飛機，以及從事建筑、安裝、裝配工程業務或者提供其他勞務等，持續時間超過12個月的，按照納稅年度內完工進度或者完成的工作量確認收入的實現”。條例將原稅法中持續時間超過“1年”重新表述為超過“12個月”，為什么作如此變化呢?原規定存在的問題是：“持續時間超過1年”究竟是指建造合同跨過一個納稅年度，還是指持續時間超過365天或者12個月呢?不同的理解會產生不同的計稅結果。按照新法規定，如果一項建造合同的開始至完成持續時間不超過12個月，則不強求納稅人必須按照完工進度或者完成的工作量確定應稅收入。反之，則必須于納稅年度內分期確認計稅收入。
　　3、關于視同銷售的具體規定。條例第二十五條規定：“企業發生非貨幣性資產交換，以及將貨物、財產、勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的，應當視同銷售貨物、轉讓財產或者提供勞務，但國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外”。這一規定顯然是對《財政部、國家稅務總局關于企業補貼收入征稅等問題的通知》(財稅[1996]79號)、《國家稅務總局關于執行〈企業會計制度〉需要明確的有關所得稅問題的通知》(國稅發[2003]45號)、《國家稅務總局關于外商投資企業內部處置資產有關所得稅處理問題的通知》(國稅函[2005]970號)等部門規章中關于內外資企業視同銷售內容的整理、提煉和統一。其值得注意的要點有：首先，條例中提出了對勞務的視同銷售問題。假定一家酒店購入另一電視機生產企業的彩電，未支付貨款，現以提供免費客房及餐飲服務為條件抵償貨款，則應對所提供客房及餐飲服務按公允價值視同銷售確認應稅收入。其次，財稅[1996]79號文中規定，內資企業將自產產品用于在建工程、管理部門須視同銷售，而條例中不再作此要求。這與國稅函[2005]970號文中規定的外商投資企業發生的資產所有權屬在形式和實質上均未改變的內部處置行為無須視同銷售的規定相一致，從而解決了內資企業在此方面負稅過當及不必要的暫時性差異問題。再次，條例的此規定在具體行業、具體涉稅業務中的應用值得關注。例如，《國家稅務總局關于房地產開發業務征收企業所得稅問題的通知》(國稅發[2006]31號)規定，內資房地產開發企業將開發產品轉為固定資產應視同銷售，而國稅函[2005]970號文規定，外商投資的開發企業將自建商品房轉為自用或經營不作視同銷售，那么，按照條例的新規定，今后此類業務應無須視同銷售。