3、關于所得“來源地”與“支付地”的關系。非居民企業應當就其所設機構、場所取得的來源于中國境內的所得繳納企業所得稅，非居民企業在中國境內設立機構、場所的，還應就其發生在中國境外但與其所設機構、場所有實際聯系的所得繳納企業所得稅。需要注意的是，所得“來源地”與“支付地”有時是一致的，有時并不一致，在實務中必須理清兩者的關系。條例中對“來源于中國境內、境外的所得”作了原則規定，如“提供勞務所得，按照勞務發生地確定”。假定一居民企業向在中國境內無機構、場所的非居民企業支付一筆設計費，非居民企業的設計勞務均發生在境內，則設計費為來源于中國境內的所得，負有納稅義務，此時來源地與支付地一致。而如果有證據表明該設計勞務發生在境外，則不屬于來源于中國境內的所得，中國稅務機關對之不行使稅收管轄權，此時來源地與支付地不一致。
　　4、關于匯總納稅問題。新法規定：居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅。條例第一百二十五條進一步明確：“企業匯總計算并繳納企業所得稅時，應當統一核算應納稅所得額，具體辦法由國務院財政、稅務主管部門另行制定。”原稅收法規中將“實行獨立經濟核算”作為判定一個經濟組織是否為企業所得稅納稅義務人的主要條件，導致出現了將諸多企業分支機構作為企業所得稅納稅義務人的問題。新法對此進行了重大改革，貫穿法人納稅原理，體現量能負擔原則。條例中明確由法人企業匯總計算應納稅所得額，企業分支機構因不屬于法定的納稅義務人，故不再獨立調整、計算、申報其應納稅所得額并獨立計算納稅。不過，由于我國企業所得稅屬于中央與地方共享稅，故法人企業在統一計算出應納稅所得額及應納稅額后，如何在總分機構經營所在地進行財政利益分配，企業如何申報繳納稅款，稅務機關如何對異地分支機構進行監管，相關法律責任如何界定等等，這些問題還有待部門規章加以細化和明確。
　　二、公平、客觀、合理：應納稅所得額計算相關規定的三大亮點
　　新法統一了內外資企業應納稅所得額的計算辦法，改革了原法中對內資企業稅前扣除方面諸多不合理的限制，優化了稅收法律環境，體現了對納稅人凈所得征稅的所得稅制原理。在此方面條例中值得關注的主要內容有：
　　(一)權責發生制：計算應納稅所得額的基本原則
　　在條例第二章第一節的一般規定中開宗明義，強調權責發生制的基本原則，同時闡明：“本條例和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。”也就是說，稅法并未排除收付實現制。在過去較長一段時間中，我國對房地產開發企業預售房款即核定應稅所得，預征稅款。條例為此類計稅辦法留下了相應空間。