一、創業投資機構資格申請：創業投資機構根據引導基金資格申請要求準備申請材料，經省級科技主管部門推薦后，報送創新基金管理中心。創新基金管理中心組織專家根據《暫行辦法》所規定的條件，對創業投資機構的資格申報材料進行審核篩選，符合條件的創業投資機構可以申報2009年引導基金的各類項目（2007、2008年已通過引導基金資格審查的創業投資機構可以直接申請2009年引導基金項目）。
二、階段參股項目的申報評審程序由申報材料受理、盡職調查、評審委員會評審、項目審定四個步驟組成。
1、申報材料受理：創業投資機構按要求準備申請材料，經省級科技、財政主管部門推薦備案后，報送創新基金管理中心。創新基金管理中心對申報材料完備性、規范性和有效性等進行形式審查。
2、盡職調查：創新基金管理中心組織科技、金融等領域的專業人員對創業投資機構做盡職調查，必要時也可委托會計師事務所、律師事務所等專業中介機構對創業投資機構進行財務審計和相關法律調查。根據盡職調查結果，創新基金管理中心向評審委員會提出評審項目名單。
3、 評審委員會評審：專家根據相關評審標準，對參股方案和盡職調查結果提出初步評價和建議；根據評審委員會建議，創新基金管理中心補充盡職調查或會同創業投資機構進一步完善參股方案及相關協議；專家與創業投資機構的代表面談；專家在充分討論的基礎上對最終參股方案進行評分并提出立項意見。
4、 項目審定：創新基金管理中心根據評審委員會專家的評審結果提出階段參股項目的立項建議，報科技部、財政部審定后在創新基金網站上公示，如兩周內無異議，與有關創業投資機構及其它投資方簽署相關法律文本。
三、風險補助、投資保障項目的申報評審程序由申報材料受理、項目評審和項目審定三個步驟組成。
1、申報材料受理：創業投資機構按要求準備申請材料，經省級科技、財政主管部門初審推薦后，報送創新基金管理中心。創新基金管理中心對申報材料的完備性、有效性等進行形式審查。
2、項目評審：由創新基金管理中心組織專家評審對創業投資機構申報的項目進行評審，并提出初步立項建議。
3、項目審定：創新基金管理中心根據專家評審結果提出風險補助、投資保障項目的立項建議，報科技部、財政部審定后，在創新基金網站上公示，如兩周內無異議，與創業投資機構等簽署相關合同。
四、跟進投資項目申報評審程序另行通知。