房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)經(jīng)營(yíng)增值收益部分涉及的稅種主要是土地增值稅和企業(yè)所得稅。為了加強(qiáng)管理，國(guó)家稅務(wù)總局分別制定了《土地增值稅清算管理規(guī)程》（國(guó)稅發(fā)〔2009〕91號(hào)）和《房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》（國(guó)稅發(fā)〔2009〕31號(hào)）。

　　房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)的土地增值稅與企業(yè)所得稅雖然都是按所得額（增值額）計(jì)算征稅，也都要匯算或清算，但是在匯（清）算時(shí)間上，卻存在著明顯的差異。

　　企業(yè)所得稅是以一個(gè)會(huì)計(jì)年度為周期進(jìn)行匯算清繳，時(shí)間是固定的。不論房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目是否完工，都要按期預(yù)繳，年終匯算清繳，多退少補(bǔ)。

　　土地增值稅卻是以房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對(duì)于分期開(kāi)發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算，開(kāi)發(fā)項(xiàng)目中，同時(shí)包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額。清算期間具有不確定性，可以長(zhǎng)于一個(gè)會(huì)計(jì)年度，也可以短于一個(gè)會(huì)計(jì)年度。清算之前按期預(yù)繳，達(dá)到清算時(shí)限條件時(shí)，則必須按規(guī)定進(jìn)行清算，多退少補(bǔ)。

　　土地增值稅清算的條件分為兩類：一是納稅人應(yīng)該進(jìn)行清算的條件：（一）房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷(xiāo)售的；（二）整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的；（三）直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。二是主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可以要求納稅人進(jìn)行清算的條件：（一）已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個(gè)項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過(guò)85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；（二）取得銷(xiāo)售（預(yù)售）許可證滿三年仍未銷(xiāo)售完畢的；（三）納稅人申請(qǐng)注銷(xiāo)稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；（四）省（自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的其他情況。