根據《科技部財政部國家稅務總局關于印發〈高新技術企業認定辦法〉的通知》（國辦發[2008]172號）的規定，高新技術企業申請認定的程序如下：

　?。ㄒ唬┢髽I自我評價及申請。企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，對照辦法第十條規定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業可向認定機構提出認定申請。

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　　1.高新技術企業認定申請書；

　　2.企業營業執照副本、稅務登記證（復印件）；

　　3.知識產權證書（獨占許可合同）、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；

　　4.企業職工人數、學歷結構以及研發人員占企業職工的比例說明；

　　5.經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表（實際年限不足三年的按實際經營年限），并附研究開發活動說明材料；

　　6.經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）以及技術性收入的情況表。